分为两个阶段：第一阶段，有机残体分解提供了组成腐殖质分子的原始材料，如多元酚、含氮有机物（如氨基酸、多肽等）及其它的矿质化中间产物等 ；

第二阶段，由微生物菌分泌的多酚氧化酶将多元酚氧化成醌，醌再与氨基酸或肽缩合而成腐殖质的基本结构单元，然后在微生物菌及其分泌酶作用下，与其它结构单元进一步缩合形成复杂而稳定的腐殖质。这里所述的只是形成腐殖质的可能途径，实际上腐殖质的形成、组成和性质远远比上述模式要复杂的多。